Nateraz omikron BA.2.86-Pirola neprevládne

Len preto, že bol pridaný k monitorovaným variantom WHO, neznamená to, že sa šíri rýchlejšie.

originál

Milton Simba Kambaramihttps://medium.com/microbial-instincts/as-of-now-omicron-ba-2-86-isnt-on-the-verge-of-taking-over-the-world-8db8f9ff3621

·

Fylogenetický strom spájajúci susedov ilustrujúci vzťahy medzi rôznymi variantmi. Je dôležité poznamenať, že čím dlhšia vetva, tým menej príbuzné varianty a tie na samostatných vetvách sú menej príbuzné. (Obrázok autora)

Línia variantu SARS-CoV-2 omicron BA.2.86, ktorú “lovci koronavírusov” tiež označujú ako “Pirola”, získala značnú pozornosť médií.

Tento článok píšem ako reakciu na správy z niektorých spravodajských kanálov, ktoré tvrdia, že BA.2.86 sa rýchlo šíri po celom svete, hoci v skutočnosti to nie je úplne pravda.

Variant však zostáva zaujímavým predmetom štúdia.

Pirola nebola zistená v Dánsku za posledný týždeň. Možno sa pýtate, prečo je Dánsko významné?

Je pozoruhodné, že Dánsko je jednou z prvých krajín, ktoré zistili Pirolu.

Čo však robí Dánsko ešte zaujímavejším, je to, že udržiava prísny dohľad nad COVID-19 na celom svete, napriek tomu, že ostatné krajiny obmedzili svoje úsilie.

Čo tým chcem povedať? Nie je pravda, že Pirola preberá svet tak, ako to robí XBB (a jeho potomkovia). Popularita Piroly je spôsobená počtom mutácií, ktoré má. Svetová zdravotnícka organizácia (WHO) ho dokonca vyhlásila za monitorovaný variant.

Pirola má viac ako 30 mutácií vo svojom proteíne Spike (S) v porovnaní s jej rodičovskou líniou BA.2. Omicron BA.2 bol najrozšírenejšou líniou začiatkom roka 2022 a sám bol mutovanou verziou BA.1 (prvý Omicron).

Pirola má navyše vo svojom S proteíne viac ako 35 mutácií v porovnaní s Krakenom (XBB.1.5), ktorý bol dominantným variantom v roku 2023 pred vznikom Eris v auguste 2023.

Prečo je prekvapujúce, že existuje 30+ mutácií? To je to, čo urobilo z Omicronu doteraz najrozšírenejší a dlhotrvajúci variant SARS-CoV-2.

V porovnaní s predchádzajúcimi variantmi, ako je Delta, má Omicron viac ako 30 substitúcií, ktoré mu poskytli evolučnú výhodu z hľadiska imunitného úniku a prenosu.

O imunite

Očakávaný typ imunity voči Pirole závisí výlučne od T-lymfocytov kvôli početným mutáciám v celom jej genóme namiesto B-lymfocytov.

Primárnou úlohou T-lymfocytov je podieľať sa na obrane sprostredkovanej bunkami, zatiaľ čo B-lymfocyty používajú protilátky a / alebo pamäť na zabezpečenie imunitnej obrany.

Proces vakcinácie je navrhnutý tak, aby stimuloval tvorbu cielených protilátok a podporoval rozvoj pamäťových B-buniek s konečným cieľom bojovať proti špecifickému patogénu. Treba poznamenať, že tento proces primárne zahŕňa skôr B-lymfocyty ako T-lymfocyty.

Je dôležité poznamenať, že aktivácia obranných mechanizmov T-lymfocytov trvá dlhšie ako aktivácia obranných mechanizmov B-lymfocytov, čo vedie k oneskoreniu reakcie tela na invázny patogén.

Potenciálna výzva pri neutralizácii variantu Pirola XBB vyplýva zo skutočnosti, že pamäťové bunky a protilátky, ktoré boli predtým účinné proti iným variantom, môžu mať problém rozpoznať a viazať sa na zmenenú štruktúru proteínu S spôsobenú viac ako 30 substitúciami aminokyselín.

Tieto štrukturálne zmeny ovplyvňujú najcielenejší epitop (proteín S) pre vakcíny, čo z neho robí významný problém pri vývoji vakcín a imunite proti variantu Pirola.

O vakcínach

Účinnosť pripravovanej vakcíny XBB.1.5 proti lieku Pirola zostáva neistá napriek predchádzajúcej dôvere v jej schopnosť chrániť pred liekom Eris.

Vedecká literatúra ešte musí poskytnúť definitívny dôkaz na podporu jeho účinnosti proti lieku Pirola.

Na určenie potenciálu vakcíny pri zmierňovaní vplyvu tohto patogénu je potrebnýďalší výskum a klinické skúšky.

Skúmanie celého genómu Piroly odhaľuje početné mutácie, ktoré je potrebné analyzovať, aby sa určila jej virulencia a evolučná výhoda.

Čím väčší je počet mutácií, tým väčší je počet premenných a permutácií, ktoré je potrebné vziať do úvahy, aby bolo možné presne predpovedať jeho potenciál.

Je dôležité poznamenať, že prítomnosť početných mutácií vo víruse nemusí nevyhnutne poskytnúť výhodu, pretože určité mutácie môžu viesť k menej virulentnému vírusu.

Ako už bolo uvedené, k dnešnému dňu bolo k 25. augustu 2023 hlásených iba desať potvrdených prípadov z Piroly.

Pirola sa odlišuje od Kraken, Eris a FL.1.5, ktoré sú dominantnými podlíniami v určitých oblastiach sveta, tým, že nemá úzky vzťah k subvariantom XBB (ako je znázornené v úvodnom fylogenetickom strome vyššie).

Pirola patrí do samostatného klanu, ktorý nie je úzko spojený s kladom XBB. Tieto zistenia naznačujú zložitú evolučnú históriu tejto skupiny omikrónových koronavírusov.

Na základe súčasného výskumu sa zdá, že existuje nízka úroveň dôvery v účinnosť pripravovanej vakcíny pri poskytovaní ochrany pred Pirolou.

Chcem objasniť, že Pirola nepreukázala zvýšenú prenosnosť alebo hospitalizácie ako EG.1.5.

Potvrdzuje to aj skutočnosť, že na celom svete bolo potvrdených len 10 prípadov ochorenia Pirola, takže vzorka je veľmi malá.

Záver

Na základe súčasného chápania Pirola nevykazuje rovnakú úroveň globálnej dominancie, aká bola pozorovaná u potomkov línie XBB a XBB.

Výskumníci sú však znepokojení početnými mutáciami prítomnými v Pirole. Variant s toľkými mutáciami môže byť nepredvídateľný, pokiaľ ide o jeho schopnosť vyhnúť sa imunitnému systému, jeho prenosnosť a potenciál spôsobiť hospitalizácie.

Pirola sa objavila aj v čase, keď sa objavuje niekoľko variantov SARS-CoV-2, čo vedie k nárastu hospitalizácií.